De la primera església romànica de Santa Fe de Quer no es conserva cap testimoni arquitectònic, car l’edifici actual correspon a l’obra dels segles XVII-XVIII. Situada dins l’antic comtat de Cerdanya, a la vall històrica de Brocà, formava part dels dominis territorials dels barons de Pinós i fou des dels seus orígens sufragània de Sant Esteve de Bagà. El lloc de Quer (Quer), topònim molt significatiu, és esmentat com un dels límits de l’església de Sant Miquel de Sant Llorenç prop Bagà, en la seva acta de consagració del 984. Les notícies de l’església s’allarguen, però, al segle XIII; l’any 1259 n’és documentada l’existència, aleshores regida per un deodonat. El 1293 Andreu Vidal estipulà en el seu testament que deixava a l’església de Santa Fe de Quer quatre diners (et Ste. Fidei de Quer, uniquique .IIII. dr ). El segle XIV l’església encara era regida per un deodonat. La capella fou reformada el segle XIV i tenien cura de les obres els cònsols de la vila de Bagà mitjançant els deodonats, car consideraven santa Fe copatrona de la vila, juntament amb sant Esteve. L’any 1766 fou construïda novament.