La capella gòtica de Santa Magdalena és la capella baixa del castell reial de Perpinyà. La seva construcció s’inicià vers l’any 1279 sota el govern de Jaume II de Mallorca. Tot i que es desconeix la data exacta de l’acabament de la seva construcció, és gairebé segur que les obres finiren abans del 1295, any en què la documentació esmenta la capella de la Santa Creu, que en ser bastida sobre la de Santa Magdalena, indica que aquesta ja devia estar finida. L’any 1309 consta que es féu la dotació oficial de lesdues capelles del castell.
Aquesta església, dita també capella de la Reina, comunicava, per una porta arquejada, amb el pati central, i per una altra, probablement proveïda de columnes i capitells, amb el pati de la Reina.
Coberta amb voltes d’ogives, presenta una capçalera de planta recta que passa a ser poligonal a tres costats, mitjançant dues trompes d’angle. Les mènsules que sostenen arcs i nervadures, com també les claus de volta, són esculpides amb fullatges naturalistes i elegants d’estil netament francogòtic. Les parets són pintades, en part, d’un fals aparell, amb un fris decorat amb una greca i d’una imitació de draperia blava. El paviment, parcialment conservat i restaurat, era construït de rajoles quadrades, grogues, negres i verdes de tradició hispano-moresca. A dreta i esquerra de lanau, dos nínxols arquejats eren destinats a abrigar els trons del rei i de la reina, aquest darrer alsud, comunicant amb els apartaments de la reina.
Quatre finestrals als costats i un de central a la capçalera il·luminen la capella, els vitralls desapareguts dels quals han pogut ésser reconstruïts gràcies a les pintures conservades en dues falses finestres del damunt de les trompes d’angle. Darrere la capçalera, una petita sala rectangular servia de sagristia i és aquí, a l’angle sud, on hi havia l’accés al soterrani del pou. La capella de Santa Magdalena abrigava el tresor de les dues capelles reials i es comunicava amb la capella alta per una escala de fusta.