El primer esment conegut de l’església de Montardit és dels anys 1092-93, en un canvi de terres entre la família de Clexne i el monestir de Gerri, “in castro Mont Ardido, in apendicio de Sancta Cecilia, in locum que vocant ad Inserrovas”.
Al lloc de Montardit, hi tingué interessos el monestir de Gerri, que és palesen en diverses donacions de béns des de la segona meitat del segle XI. L’any 1244 hi ha una nova referència a la parròquia de Montardit, quan Guillem, capellà de Montardit, donà el seu cos, per ser-hi enterrat, i diversos béns al monestir de Gerri.
Santa Cecília de Montardit fou visitada pels delegats de l’arquebisbe de Tarragona en el seu recorregut per les esglésies del deganat de Montenartró, els anys 1314-15. En la visita pastoral del 1575 la parròquia de Santa Cecília de Montardit tenia com a sufragània Santa Coloma de Llarvén, i era inclosa en l'oficialat de Sort. En la visita pastoral del 1758 l’església tenia com a titular la Verge del Roser, mentre que l’any 1904 havia recuperat com a titular santa Cecília. Actualment depèn de la parròquia de Sort.