La vila de Fontsagrada s’anomenava en un primer moment de Santa Fe, segons que consta en un document de l’any 1175, en què el comte de Pallars Jussà, Ramon VI, prengué sota la seva guàrdia i batllia la “villa Sancte Fidis, que est subtus Terraza, et est in termino Gallinarii”.
En el fogatjament del 1381 el lloc de Fontsagrada pertanyia a la baronia d’Orcau, jurisdicció que perdurà fins l’any 1831, quan era senyor jurisdiccional el comte d’Aranda.
Si bé l’església de Santa Fe devia existir ja l any 1175, no apareix novament documentada fins a la visita pastoral del 1758, en què figura com a sufragània de Santa Maria de Vilamitjana. L edifici descrit en aquesta visita era una petita capella sense fonts baptismals.