Sant Miquel de Cellers fou un priorat canonical que depenia de la pabordia de Mur, i que es creu que devia estar relacionat amb la cova, anomenada de Sant Miquel, situada al capdamunt de la vall i el barranc de Cellers.
L’església, amb el nom de Sant Miquel in loco Quoangosto, apareix esmentada en els documents coneguts com a falsos VI i VIII de Gerri, datats els anys 930 i 953. Malgrat la falsedat dels documents, aquesta església devia existir ja al segle X, o si més no a la fi del segle XI, quan se suposa que foren redactats. En aquesta església s’establí, pels volts de l’any 1170, un priorat dependent de la canònica de Santa Maria de Mur, i els seus benefactors foren els comtes de Pallars. L’any 1200 el rei Pere I donava privilegi de protecció reial a Sant Miquel. Aquesta església devia tenir una especial relació amb la família dels Llimiana; així, l’any 1200 Arnau de Llimiana cedí a Sant Miquel del Congost els delmes de la Coma de Valentí i l’any 1214 Aleix de Llimiana es donava ell mateix a Sant Miquel. L’església estava ja arruïnada el 1418, i al segle XVI fou incorporat al monestir de Santa Maria de Lavaix. El 1831 existia encara com a santuari. Actualment no en resten vestigis.