L’any 1042, en l’acta de consagració de l’església monacal de Santa Maria de Senterada consta, com a possessió del monestir, l’església de “Sancto Fructuoso a Segun” amb les seves pertinences. Probablement aquesta notícia faci referència a l’actual capella de Sant Fruitós, si bé a un edifici anterior al conservat avui dia. En la visita pastoral del 1758, la capella de Sant Fruitós, situada extramurs, tenia un sol altar i estava en bon estat.