El lloc i l’església de Vinyafrescal és documenten entre el 1099 i el 1108, en què és data la donació que Ledgarda vídua de Miró Guerreta, féu a favor del monestir de Sant Genís de Bellera d’un alou a Salàs, que afrontava amb Sant Joan de Vineafiscale. El lloc sembla que fou del monestir de Sant Pere de les Maleses, car l’any 1248 el prior d’aquest monestir, Bernat Ramon, establí una concòrdia amb Francesc Alamany sobre el lloc de Sant Joan de Vinyafrescal, de manera que aquest restava sota el domini directe del prior.
En la dècima del bisbat d’Urgell del 1391, dins del deganat de Tremp, hi figura el capellà de Vinyafiscal amb sis sous. Actualment depèn de la parròquia de Claverol.