L’església parroquial de Sant Feliu de Gerri estigué, de sempre, estretament vinculada al monestir, raó per la qual apareix escassament en la documentació.
En el document conegut com a fals VII de Gerri, datat l’any 940, però en realitat escrit al final del segle XI, el comte Isarn feia donació al monestir de Gerri de la vila de Gerri amb la seva església de Sant Feliu, amb les dècimes, primícies i oblacions.
Tanmateix, el seu primer esment segur és de l’any 966, en la butlla de Joan XIII a favor del monestir, on li confirmà l’església de Sancti Felicis cum villa sua quam Gerr villeta amb els delmes i serveis. L’any 1116, l’abat Berenguer de Gerri la cedí a la sagristia del monestir. L’església de Sant Feliu apareix també confirmada com a possessió del monestir en la butlla del papa Alexandre III, del 1164. L’any 1391 consta que el capellà de Gerri pàgava de dècima 14 sous, mentre que l’abat de Gerri hi figura amb 31 lliures i 1 sou. L’any 1432, la rectoria de Sant Feliu fou proveïda per l’abat del cenobi a favor de Miquel Soler.