L’església de Castissent apareix esmentada l’any 1099, quan els comtes de Pallars Jussà, Ramon V i Valença amb el seu fill Pere, donaren al monestir de Santa Maria de Lavaix les esglésies situades al terme de Castissent. Aquestes devien ser la de Sant Joan de Castissent, que vers l’any 1203 consta com a pertinença de la mensa del monestir de Lavaix, i Sant Esteve de Prullans, que en sengles documents dels segles XII i XIII apareix com a sufragània de l’església de Santa Maria o Mare de Déu de Montserbós.