El primer esment conegut d’aquest indret, i per tant de l’església que li donà nom, data del final del segle X, en un document de vers l’any 970 en què els homes de Santa Engràcia ajudaren el comte Isarn a termenar un alou que aquest tenia a la vila d’Enviny.
El lloc de Santa Engràcia apareix esmentat en escasses ocasions en la documentació dels segles XI, XII i XIII. Així, l’any 1074 és citat com a límit, a ponent, del castell de Castelgonem, i l’any 1079, com a límit, a llevant, del castell de Castellet; el 1173 es documenta la donació al monestir de Gerri, per part dels comtes de Pallars Sobirà, Artau IV i Guillema, del mas de Martí de Trencavies, situat al terme de Santa Engràcia i el 1204 la deixa testamentària de Pere de Perabruna a favor de la seva muller de tot el que tenia a Santa Engràcia.
L’església de Sancta Grata de l’ardiaconat de Tremp fou objecte de visita per part dels delegats de I arquebisbe de Tarragona l’any 1314. En el llibre de la dècima del bisbat d’Urgell del 1391 el capellà de Santa Engràcia hi figura amb la quantitat d’onze sous. Vers l’any 1526 la rectoria de Santa Engràcia tenia com a annexa la parròquia de Gurp. En la visita pastoral del 1758 es fa constar que l’església es trobava en bon estat amb dos altars i una petita sagristia situada darrere l’altar major. En aquest moment tenia com a sufragània Sant Sadurní de Gurp, mentre que l’any 1904 tenia, a més, l’església de Sant Martí de Castelló.