El lloc de Vilanova era situat al pla de Corts, i actualment ha desaparegut totalment, encara que l’any 1860 el topònim designava una simple casa. Les primeres notícies del lloc de Vilanova daten d’abans de l’any 1070, en què en la convinença entre el comte Artau I i l’abat Arnau sobre l’establiment del castell de Peramea, s’hi inclou el delme dels homes de Vilanova. El 1121, el lloc de Vilanova apareix com a límit del castell de Peramea. L’any 1137, els comtes Artau III i Agnès restitueixen al monestir de Gerri la parròquia de Peramea, amb les seves viles, entre les quals hi ha Vilanova. Aquesta situació entre els comtes i l’abat de Gerri perdurava encara el 1150, quan els comtes Artau III i Agnès pàguen al monestir totes les penyores que tenien, llevat de la de Vilanova, de la qual mancaven 35 morabatins per pàgar.
L’esment més antic de l’església de Sant Sadurní és del darrer quart del segle XI. En l’inventari de terres situades al terme de Balestui que constituïen l’alou del monestir de Gerri en aquesta vila, s’esmenta la terra de Sant Sadurní, que limitava amb ipsa ecclesia.
La vinculació de l’església de Sant Sadurní amb el monestir de Gerri és confirmada l’any 1164 en la butlla d’Alexandre III de confirmació de béns del monestir de Gerri, on figura l’església de Sant Sadurní de Vilanova amb masos, Coromines i alous. L’església de Sant Sadurní de Vilanova devia continuar pertanyent al monestir de Gerri i no figura, per tant, en les visites pastorals del bisbat d’Urgell.