Els primers esments del lloc de Montenartró daten del 1034 i el 1060, en què se cita com a límit dels termes de Santa Eulàlia, Sant Julià, Sant Martí i Sant Pere, de Romadriu. El lloc formava part del vescomtat de Vilamur.
La parròquia de Montenatró, Montano Hortone, és esmentada en l’acta de consagració de la Seu d’Urgell. En les dècimes papals del 1279 apareix com a cap del deganat de Montenartró, que en aquesta relació sols inclou la parròquia d’Estac. Gràcies a la visita realitzada pels delegats de l’arquebisbe de Tarragona als diferents deganats del bisbat d’Urgell, entre els anys 1314 i 1315, se sap que el deganat de Montenartró comprenia l’anomenat Alt Pallars (unes 40 parròquies, llevat dels sectors integrats al deganat de Cardós i al de les valls d’Àneu). En aquesta visita s’esmenta l’església de Sant Esteve de Montenartró. En la nova distribució del bisbat d’Urgell en oficialats, Montenartró fou integrat a l’oficialat de Sort. En la visita pastoral del 1758, Sant Esteve de Montenartró era inclosa a l’oficialat de la col·legiata de Castellbò i tenia com a sufragànies Sant Martí de Romadriu i Sant Joan de l’Erm. En aquesta visita, el visitador manà reforçar les parets interiors de l’església amb calç. Pel pla parroquial del 1904 Montenartró fou de nou integrat a l’arxiprestat de Sort, amb les mateixes sufragànies. Actualment depèn de la parròquia de Rialb.