El poble de Vilacarle o Vilacarli es troba al mig de’l’antiga vall Ribagorçana, a l’esquerra de la ribera drenada pel barranc que porta el seu nom i a la solana del Montet. El primer esment del lloc és de l’any 1007, en què l’abat Galí de Santa Maria d’Ovarra dotà Sant Climent de Rallui amb una vinya sota Sant Aventí “qui fuit de Orratone de Villa Karli”. Sota el mecenatge dels senyors de Lierp, s’hi creà una abadia. Desconeixem els motius, però certament l’arxiu de Sant Pere d’Àger conserva tres instruments d’un abat Ató de Santa Maria que féu diverses adquisicions als termes de Vilacarle vers l’any 1035. Cap al 1099 Ató, “abbas de Villacarli”, actuà com a marmessor testamentari de Ramon Guillem i la seva esposa Sicarda.
A partir del segle XII es produeix la progressiva vinculació de Santa Maria de Vilacarle a la canònica de Roda. L’any 1107 el bisbe Ramon Guillem dotà l’oratori de Sant Agustí de l’infermeria de Roda, amb les quartes episcopals de Vilacarle. El 1161, Toda de Casterlenes, hereva dels Lierp-Benavent, donà a Sant Vicenç de Roda l’església de Vilacarle. L’any 1237 Vidià d’Espills i la seva muller Agnès donaren a Santa Maria de Vilacarle i a l’abat Berenguer els béns de la casa d’Arnau d’Espanya. L’any següent, segons un diploma ovarrès, aquest mateix abat lliurà a Joan de Fornons, sacerdot, i a Joan de Pardinella un molí abandonat a Entrambesaigües, terme de Fornons, per tal de restaurar-lo i d’explotar-lo a mitges. Finalment, el 1297, el bisbe Guerau de Lleida uní Santa Maria de Vilacarle a Sant Vicenç de Roda. Els canonges completaren llurs possessions amb diverses aportacions dels Espès al començament del segle XIV. Vilacarle restà adscrit al priorat de Roda fins a la desamortització eclesiàstica.
La parròquia de Santa Maria ha estat força reformada al llarg de la història. Amb tot, són vistents alguns vestigis romànics, especialment a la capçalera i la part part inferior del campanar de torre.