Una de les primeres referències sobre el castell de Cubells data del maig de l’any 1050, quan el comte barceloní Ramon Berenguer I feu que al-Mudàfar, cabdill àrab de Lleida, li cedís els llocs de Camarasa i Cubells. Pel novembre d’aquest any, el mateix comte de Barcelona feia acte d’infeudació dels castells de Camarasa i Cubells al comte d’Urgell Ermengol III i a Arnau Mir de Tost. En el cas de Cubells, el castell fou infeudat al comte d’Urgell i subinfeudat a Arnau Mir de Tost, a qui s’encomanà la custòdia de la zona.
El castell de Cubells, malgrat les infeudacions, era una propietat eminent dels comtes de Barcelona, ja que segons un document datat entre el 1053 i el 1071, un tal Guerau Marcuti, fill d’Alena, era reconegut castlà del chastro de Chubells per Ramon Berenguer I i Almodis.
L’any 1059, el comte d’Urgell, Ermengol III, signà amb Arnau Mir de Tost un nou conveni sobre el feu de Cubells i també el de Camarasa, pel qual el dit cavaller es comprometia a no posseir els feus sense el seu consentiment. Arnau Mir de Tost, en el seu testament atorgat l’any 1072, llegà els castells de Cubells i de Camarasa a la seva filla Letgarda i al seu net Guerau Ponç II de Cabrera, amb pacte de posseir-los pel comte Ramon Berenguer I i la seva muller Almodis. Guerau Ponç II els deixarà al seu fill Ponç Guerau II de Cabrera, segons que consta en el seu testament del 1131.
Entre el 1082 i el 1097 Ponç Guerau II de Cabrera jura fidelitat per aquest castell i el de Casserres del Castell (Ribagorça). Alguns autors sostenen que a partir del 1105, any de la conquesta definitiva de la ciutat de Balaguer, la importància estratègica del castell de Cubells minvà. L’any següent, el 1106, es consigna una convinença entre el vescomte Guerau Ponç II de Cabrera i el comte Ramon Berenguer III de Barcelona, segons la qual el primer es comprometia a ésser fidel al comte barceloní en canvi de rebre d’aquest darrer la potestat de les fortaleses de Cubells, Mèrita (terme de Camarasa), Estopanyà (Ribagorça) i Camarasa.
L’any 1166 el kastro Cubels figura esmentat com a límit d’una peça de terra en una escriptura de donació atorgada per Andreu, Company, Eliarda i Maiença, a favor de Ramon de Ponts i la seva esposa Sança.
A la darreria del segle XII el castell de Cubells passà a la nissaga dels Cervelló; en aquest sentit hi ha constància documental pel testament de Guerau Alamany de Cervelló, datat l’any 1193, que aquest llegà al seu net els castells de Cubells i de Camarasa. Poc temps després, l’any 1199, Guerau Ponç IV de Cabrera prometé fidelitat al rei i es comprometé, pel seu vassallatge, a defensar els castells i les fortaleses de Cubells, Mèrita, Camarasa i altres.
L’any 1233 el rei Jaume I confirmà, en favor de la seva germanastra Constança i del marit d’aquesta, el senescal Guillem Ramon de Montcada, la possessió de diversos castells, entre els quals s’esmenta el de Cubells. Però poc temps després, el 1243, Constança, en canvi de 1 000 morabatins d’or, cedí al mateix monarca la castlania i els drets que havia adquirit de Guerau Alamany de Cervelló en els llocs de Camarasa i Cubells. A la darreria del segle XIII, el castell de Cubells era senyorejat per Ramon de Falcó, que el tenia en nom del rei Pere II.
El 1330, Cubells entrà a formar part, conjuntament amb altres localitats, del marquesat de Camarasa, dins el qual encara romania al segle XVII, època en què aquest marquesat era Inscrit a la vegueria de Lleida.
De l’antic castell de Cubells, no en resta res. Solament el recinte amb el portal d’accés, que no pertany a la fàbrica primitiva.