La fundació de la vila fortificada de Vilanova de Meià ha de correspondre a l’inici del segle XII, ja que la primera notícia documental és de l’any 1125, quan Ramon Guitard de Meià, amb el consentiment dels seus fills, Guillem i Pere, donà per a l’obra de la Seu d’Urgell i al seu bisbe Pere tres capmasos situats al terme de Meià, i les cases de Vilanova pertanyents als dits capmasos. El fet que les cases de Vilanova estiguessin supeditades als capmasos permet afirmar que la construcció de la nova vila havia de ser recent, sense que hom pugui creure que fos anterior al segle XII. En el capbreu del monestir de Santa Maria de Meià, atribuït a l’any 1137, encara que el monestir no posseïa cap cens a Vilanova, consta que un Bernat de Vilanova feia un cens al monestir per uns béns situats a la vila de Santa Maria. En diversos documents apareix una família cognominada Vilanova, que podria ser la posseïdora de la castlania de Vilanova, ja que a la part alta de la vila també hi hagué un castell. Així, en el testament de Guillem III de Meià, que manà redactar l’any 1193, es fa constar que entre els homes de la seva cúria hi havia un Pere de Vilanova, juntament amb altres castlans de la família Meià.
Al llarg del segle XII i fins a l’inici del XIV la vila continuà prosperant, es crearen nous serveis i aparegué una forma d’organització municipal. Així, al final del segle XIII es documenta l’existència d’un mercat ben organitzat, amb taules de venda que són establertes pel senyor de la vila, ja que l’any 1270 Jaume de Cervera, senyor del castell de Meià i de Vilanova de Meià, donà a Pere Viret, habitant de Vilanova de Meià, una taula a la plaça del mercat de la dita vila per vendre-hi mercaderies, pagant un cens de dotze diners.
Al començament del segle XIV ja existia una notaria pública a la vila que, segurament per donació dels senyors de la vila, depenia del monestir de Santa Maria de Meià i estava a càrrec d’un canonge del monestir, el qual hi establia una persona idònia per tenir a l’escrivania. El primer notari documentat és un personatge anomenat Viduga o Buluga, que ja actuava l’any 1310 amb el nom de Guillem de Viduga, el qual redactà un document com a notari públic de Vilanova de Meià. L’any 1317 apareix amb el nom de Guillem de Buluga redactant un altre document públic per autoritat de Bartomeu Oromir, canonge de Meià.
Vilanova de Meià tingué un gran desenvolupament arran de la incorporació del terme de Meià a la corona per la permuta que l’any 1312 feu el rei Jaume II a Pere d’Ayerbe, fill d’Aldonça de Cervera, de qui havia rebut el patrimoni dels Cervera a la Conca de Meià. Aleshores, el mateix any 1312, el rei Jaume II, a petició dels habitants de Vilanova de Meià, concedí l’exempció de tota contribució reial a tots els habitants de la vila i als que hi anessin a residir durant quinze anys, amb la finalitat d’incrementar el poblament de la vila i del terme. Al cap de dos anys, també a petició dels homes de Meià, el rei Jaume II ordenà al seu batlle general que nomenés una persona idònia per a regular l’establiment dels nous pobladors, als quals concedia patis per a construir-hi cases. Els censos que s’havien de pagar pels patis de les cases els havien de donar als marmessors del comte d’Urgell o a qui aquests volguessin.
Posteriorment es degué procedir a crear una organització municipal representativa, la qual apareix per primera vegada documentada l’any 1328, quan el rei Alfons III notificà al seu secretari que els jurats i les universitats dels llocs de Meià havien de pagar la seva part de la compra que el noble Jaume de Cervera feu de cert lloc.
El creixement de la vila fortificada havia fet que el castell de Meià perdés la població que vivia en el puig de Meià. Finalment, el castell deixà d’exercir les seves funcions defensives, que passaren a la vila fortificada de Vilanova de Meià, on, en la part alta, també es construí un castell. Això passà al llarg del segle XIII, ja que l’any 1313, Acard de Mur, procurador d’Agnès, muller seva, filla de Ramon Alamany, difunt, i de Berenguera de Guimerà, prestà homenatge al rei Jaume II pel feu del castell de Meià i de Vilanova de Meià, el qual havia rebut Acard en dot de la seva muller. Acard de Mur fou interrogat sobre el servei que havia de fer i respongué que no en tenia constància ni havia sentit que se’n fes cap, que al puig de Meià únicament hi havia un soldat de peu en temps de guerra per custòdia.
La vila de Vilanova de Meià continuà les vicissituds que es produïren amb la creació del marquesat de Camarasa, al qual fou incorporada juntament amb el terme de Meià i molts altres castells de la zona.
L’any 1374, en el moment que Vilanova de Meià fou de nou incorporada a la corona, el rei Pere III concedí als paers i prohoms de Vilanova de Meià que poguessin celebrar una fira per la festa de Sant Martí, deu dies abans i deu dies després, com solien celebrar-la per Santa Llúcia. També concedí salvaguardar tots els homes que hi acudissin i els seus béns.
Quan semblava que Vilanova de Meià havia quedat definitivament incorporada a la corona, l’any 1426, el rei Alfons IV de Catalunya-Aragó vengué a carta de gràcia al capítol de la Seu d’Urgell la vila i terme de Vilanova de Meià i altres llocs. Aquesta venda a carta de gràcia fou definitiva, ja que el rei no la redimí.
Però encara restaven a la corona diversos drets, en exercici dels quals l’any 1577 el rei Felip II concedí als homes de Vilanova de Meià de tenir mercat el dissabte de cada setmana.
A mitjan segle XVII, quan Roig i Jalpí escrigué la seva obra, el castell de Vilanova de Meià ja es trobava en desús i enderrocat: “En Villa-nueva en la parte superior, y junto a la Iglesia, hay un Castillo inhabitable”.