Aquesta església, avui desapareguda, fou la parròquia del terme del castell de Malagastre, que cal situar al lloc d’Antona, en un tossal a la dreta del Segre. L’any 1018 el comte Ramon Borrell de Barcelona, tutor del comte Ermengol II d’Urgell, féu donació juntament amb la seva esposa Ermessenda al monestir de Sant Serni de Tavèrnoles de l’espluga prop del castell de Malagastre, perquè els monjos hi bastissin una església en honor de sant Salvador. Sant Salvador de Malagastre apareix esmentada entre les possessions de Sant Serni en l’acta de consagració d’aquest cenobi del 1040. És probable que l’església esmentada correspongui a la de Malagastre, un dels béns amb què es dotà la canònica de Montmagastre el 1054. En aquest sentit la donació de 1018 no degué prosperar, perquè el terme de Malagastre tornà a caure en poder dels musulmans poc després. En reconquerir-se el lloc i en esdevenir Arnau Mir de Tost senyor del castell de Malagastre a partir del 1049, la parròquia de Malagastre fou cedida com a dotació de la canònica de Montmagastre. L’església de Malagastre apareix sota l’advocació de santa Maria en el testament d’Arsenda, muller d’Arnau Mir de Tost, la qual li féu un llegat d’un cobertor. Desconeixem quan desaparegué aquesta parròquia, però el cert és que no és consignada en les diferents relacions de les parròquies dependents de l’abadiat i més tard arxiprestat d’Àger.