La Serra és un dels petits nuclis de l’actual municipi de la Baronia de Rialb que depengué de la parròquia de Sant Iscle i Santa Victòria de la Torre de Rialb (abans, Sant Iscle de Rialb Jussà), circumstància que encara es manté. Això es comprova l’any 1075, en què Guitard Isarn de Caboet féu donació propter nupcias a la seva esposa Gibel·lina d’un alou que es trobava al terme de Rialb, a l’apèndix de Sant Iscle, en el lloc anomenat la Serra. El topònim la Serra ja consta en un document fals de l’any 888, de donació al monestir de Ripoll de l’església de Santa Maria de Gualter (que fou redactat segurament al final del segle X).
Com moltes altres petites esglésies del rodal, Santa Maria de la Serra no és documentada en època medieval, però tot fa suposar que ja existia abans del 1300 com a sufragània de Sant Iscle de Rialb Jussà.