Aquesta església fou la parròquia del poblat, avui desaparegut, de Filella, que es trobava segurament a la partida del terme de Bellcaire dita “el Vilot”. Des del 1186, almenys, hi ha referències a l’existència d’aquest temple, del qual era sufragània l’església de Santa Maria de Bellcaire. El primer rector de nom conegut és Arnau (1202). Aquesta parròquia consta com a tal el 1391, quan les rendes del rector foren taxades en 20 sous en la dècima d’aquell any. La rectoria de Filella fou suprimida i traslladada a Bellcaire a la segona meitat del segle XVI. Vers el 1979, en uns treballs d’anivellament de terres, aparegué completament el cementiri parroquial de Filella, amb enterraments de fossa orientats en sentit est-oest i sense aixovar visible. Testimonis dels pagesos més ancians afirmen haver vist en el lloc abans del 1936 restes de pedres ben tallades i d’una possible pila baptismal.