L’església parroquial del poble de Cabanabona és documentada per primera vegada l’any 1101, en el testament sacramental de Ramir, jurat sobre l’altar de Sant Joan de Cabanabona. Segons que declaren els marmessors, Ramir feu nombrosos llegats a l’esmentada església, entre d’altres, diversos camps i vinyes; un cup, una tona i quatre unces en diners per a l’obra de l’església; dues unces perquè els clergues de Sant Joan cantessin misses; dues vànoves per a les habitacions dels mateixos clergues, i dos bous i tots els seus mobles, excepte la millor taula, per a l’obra del cloquer. D’aquestes deixes es desprèn que en aquests moments s’estava construint l’església, romànica. Ramir també feu donació a la fraternitat de Sant Joan d’una casa on solien reunir-se els confrares, juntament amb una altra casa, i establí que Ponça les habités al servei de Sant Joan.
D’altres testaments d’anys posteriors també contenen donacions a Sant Joan de Cabanabona.
El 1123 Ramon Arnau li llegà una coramina que tenia al lloc anomenat Partser, i el 1140 Pere li lliurà un casal, segons que consta en el seu testament sacramental jurat a l’altar de sant Pere de la parròquia de Sanaüja, La parròquia de Cabanabona passà a dependre de Santa Maria de Solsona abans del 1151, data de la butlla del papa Eugeni III en què ja figura com a església subjecta a aquesta canònica. Així mateix, és consignada en l’acta de consagració de Santa Maria de Solsona del 1163. Notícies posteriors confirmen aquesta situació, que es degué prolongar fins al segle XVI.
De la parròquia de Cabanabona depenen avui dia el santuari de Sant Pol i l’església de Santa Maria de Vilamajor d’Agramunt. L’actual edifici, dels segles XVII-XVIII, no conserva vestigis de l’antic temple romànic.