El lloc de Millà apareix esmentat per primera vegada el 1066, en el document de distribució dels béns de Sant Pere d’Àger que feren Arnau Mir de Tost i l’abat Guillem Ramon. L’església parroquial de Sant Pere de Millà es trobava subjecta a l’abadia de Sant Pere d’Àger, tal com es consigna en les butlles d’Alexandre III del 1162 i 1179. Notícies posteriors confirmen aquesta vinculació, que s’allargà fins al segle XIX.
L’església fou molt ampliada al segle XVIII, quan de ben segur es reaprofitaren els carreus ben escairats de la primitiva església. Al seu costat es conserva el vell fossar.