L’antiga ermita de Sant Climent del Flequer, de la qual queden tan sols petites restes, es trobava situada just al mig de l ‘actual demarcació entre el mas Flequer i i el mas del Perer de Planes. L’ermita deu el seu nom al mas Flequer, que apareix documentat per primera vegada el 1410 com en Flaquer. No obstant això, en diferents compra-vendes de terres se’ns parla d’un lloc anomenat Planes. Podria ser que, dintre d’aquesta demarcació, perfectament organitzada ja al final del segle XI, es construís l’ermita de Sant Climent i servís de centre religiós per als habitants dispersos de muntanya.
No es té cap noticia de la capella fins al segle XVI, més concretament a partir de l’any 1508, any en què surt esmentada per primera vegada en una visita pastoral com “Capella ermitana de Sant Climent’.
Hi ha un buit documental sobre l’ermita fins l’any 1711, que el visitador prohibeix el culte a causa de l’estat ruïnós de la capella. “ Se ha encontrat tenir tota la volta uberta o escardada de modo que amenassa ruina, manàn al Rt. Rector que es, i per temps serà de la presente parroquia, que no permete se celebre en dita capella lo St. Sacrifici de la Misa, fins a tant, que se haja compost la capella ”
El 1776, els marquesos de Dou, que n’eren els propietaris, van reedificar la capella dintre de la demarcació del Flaquer i a prop de l’antiga.