Aquesta església era en l’antic terme del castell de la Guàrdia, dins de l’àmbit parroquial de Sant Pau de la Guàrdia. Fou sempre una capella destinada a servir de culte a un grup de masos del sector nord-oriental del terme. Posteriorment fou substituïda per un altre edifici de la parròquia de Sant Pau de la Guàrdia. Sant Pau n’esdevingué el titular, mentre que sant Abundí restava només com a titular d’un altar.
Aquesta església no es documenta fins al segle XII, que s’esmenten els drets i les pertinences del senyor major del castell de la Guàrdia, entre les quals figura el mas Elies i el domini de Sant Aon.
Més tard es troba una notícia de l’any 1307 que fa referència a un propietari d’un mas del mateix nom, ja que aquest any Pere de Sant Abundí, del terme de la Guàrdia, feu àpoca del dot de la seva germana Saurina. L’any 1505 el mas anomenat Sant Aon ja es trobava unit al mas Elies.
Diversos donats tingueren cura de la capella durant els segles XIV i XV. Un dia del mes de juliol se celebrava la diada de Sant Abundí amb una missa. L’any 1363 s’hagué de reconciliar el cementiri de la capella, per bé que no se’n coneixen els motius.
Durant la segona meitat del segle XVI es procedí a fer diverses obres a l’església de Sant Abundí. El 1546 es feu una deixa per cobrir la teulada, el 1599 es feu un llegat per a l’obra del temple i el 1604 es feu el mateix per a la capella nova de Sant Abundí.
L’any 1738 s’autoritzà el trasllat del culte de sant Pau al costat de l’església de Sant Abundí. L’any 1740 se’n col·locà la primera pedra, i al cap de dos anys, quan les obres ja estaven avançades, es traslladà l’altar de Sant Abundí a la part nova i es permeté aprofitar la pedra de l’església vella per a continuar construint la part que faltava, mentre que en la part construïda ja es podia celebrar el culte. Les obres finalitzaren l’any 1743, any en què fou beneïda. El lloc on antigament s’alçava la capella de Sant Abundí es reservà per a la capella del Roser, mentre que el culte de sant Abundí passà a un altar lateral de la nova església.
Actualment aquesta nova església manté el culte com a parròquia des de l’arranjament parroquial del segle passat amb la titularitat de Sant Pau de la Guàrdia.