L’església de Sant Miquel s’alçava a l’actual plaça barcelonina del mateix nom, lloc on hi havia hagut les termes romanes de la ciutat construïdes al segle II. Ja existia a mitjan segle X, car consta que l’any 951 la comtessa Riquilda, vídua del comte Sunyer, li féu donació de nombroses propietats; també en aquesta època es troba documentat vora el temple un fossar o cementiri, que juntament amb els de Sant Jaume, la catedral. Sant Just i Sant Celoni eren els llocs destinats a enterraments cristians dins la ciutat.
El temple de Sant Miquel figura entre les deu parròquies que tenia el territori de Barcelona al segle XI, centúria en la qual es consignen diverses escriptures de donació al seu favor; una de les més importants és la que feren els comtes de Barcelona Ramon i Ermessenda l’any 1006, consistent en la meitat del castell de Barberà. Posteriorment, el 1055, el bisbe Guislabert, juntament amb els comtes Ramon i Almodis, donaren l’església de Sant Miquel a la canonja de la Seu de Barcelona, cessió confirmada el 1104 pel papa Pasqual II.
Sembla que el temple fou reconstruït o modificat en temps de Ramon Berenguer IV i, encara, l’obra del segle XII es remodelà temps després. Sant Miquel disposava d’una comunitat de preveres, i hom té constància de la fundació, l’any 1252, del primer benefici, el titular del qual era sant Pere; els altres s’anaren creant, segons testimoni documental, entre els segles XIV i XVII.
Al segle XVI es feren algunes reformes a l’edifici; així l’antiga portalada romànica fou substituïda per una altra d’estil gòtic, obra de l’escultor francès René Duclaux. El campanar, de base quadrangular, persistí sempre romànic.
A l’inici del segle XIX, l’any 1819, li fou tret el cementiri i uns anys més tard, el 1835, perdé la seva parroquialitat i subsistí com a capella particular del consistori municipal fins que l’ajuntament revolucionari del 1868 en decretà l’enderrocament definitiu; en el solar on havia estat s’edificà el cos esquerre de les oficines municipals. Llavors la façana gòtica de l’església de Sant Miquel fou traslladada al temple de la Mercè, on subsisteix incrustada a la façana esquerra, que dóna al Carrer Ample. El campanar es traslladà a l’església de la Concepció. També es conserva al Museu Arqueològic de Barcelona un mosaic romà, trobat com a paviment en una de les sales que havien format part d’aquesta antiga església. (MLIR)
La portalada romànica, que es trobava situada al mur sud, fou descoberta quan s’enderrocà l’església. Probablement degué ésser tapiada al segle XVI quan s’hi obrí la nova portada, o bé posteriorment en construir-se les capelles laterals de l’església.
Actualment es desconeix si, de la mateixa manera que altres parts de l’edifici foren reutiiitzades en altres construccions, es troba ubicada en alguna altra església o guardada en algun museu.
L’únic testimoni gràfic que es conserva, i que d’alguna manera dóna idea de la seva estructura, és una fotografia (Arxiu Municipal, Casa de l’Ardiaca, negatiu A-1428), feta tot seguint la iniciativa de Josep Puiggarí.
La portada era constituïda per tres arcs de mig punt en degradació, amb motlluratges, i sense decoració esculpida llevat de l’exterior que mostrava una banda de dents de serra. El timpà i la llinda tampoc no eren ornamentats. Tots aquests elements se sustentaven per pilastres de secció quadrada amb capitells, únics elements esculpits, de tipus corinti, i un d’ells potser figurat (pilastra interior dreta). (CPG)