L’orde de Sant Joan de Jerusalem podria haver tingut casa a Barcelona a mitjan segle XII. Amb tot, la manca de documentació no permet afirmar-ho. Sembla que la “casa” de Barcelona només era una institució sobre el paper per administrar unes propietats del Vallès. L’únic document del segle XII que evidencia una activitat important a la ciutat per part dels hospitalers fa referència a una sèquia del Llobregat que el rei, el 1198, volia prolongar fins a Montjuïc. Els hospitalers la van fer í n’explotaren els molins a canvi de donar al rei la quarta part dels rèdits.
A partir d’aleshores es registra activitat a la comanda. L’any 1202 l’orde adquirí propietats vora la riera de Merdançà (el torrent que vorejava per llevant l’antiga muralla romana de la ciutat) i s’hi establí. Tres anys més tard s’urbanitzà l’indret i a partir d’aleshores s’anomenà riera de Sant Joan (actual Via Laietana, entre la plaça de l’Àngel i el carrer de Sant Pere Més Baix). Mitjançant permuta, l’Hospital fou propietari ple d’un farraginal situat “in burgo Barchinone iuxta domos suas (dels hospitalers) iuxta merdancianum”.
Poc després, l’any 1208, els santjoanistes aconseguiren, gràcies a una sentència arbitral, el dret a construir l’església i el fossar que els havia negat el bisbe de Barcelona, malgrat l’existència d’una butlla papal que els atorgava aquest privilegi. Hem de considerar que a partir d’aquest moment establiren el convent amb tots els ets i uts: disposaren d’una casa, no gaire gran, però dotada de tots els serveis necessaris.
El convent barceloní de Sant Joan no tingué gaire importància en el context de les comandes hospitaleres catalanes. Va aguantar amb penes i treballs fins que el 1886 fou enderrocat per deixar pas a l’actual Via Laietana. Malgrat la relativa proximitat temporal de l’enderrocament, hom no disposa de cap altre document gràfic del convent que els famosos quarterons de Garriga i Roca del 1857. En aquest dibuix esquemàtic s’aprecia una capella de planta rectangular d’uns 19 m de llarg × 9, 5 m d’amplada, dividida en quatre trams per arcs, amb els corresponents contraforts exteriors, molt gruixuts, per cert. Entre els contraforts trobem vuit capelles bastant regulars, més fondes les del S. El santuari prolonga la nau 7 m, és un xic més alt que aquesta i acaba en capçalera plana.
A partir del segle XV els inventaris i les visites priorals permeten veure l’estat i les transformacions que va experimentar la casa. Si bé el convent sofrí molts canvis, sembla que la capella no fou gaire modificada en la seva estructura, si més no d’aleshores ençà. En el primer inventari conegut, que és del 1435, el temple té una sola nau amb tres altars al presbiteri. Els documents del segle XVI revelen l’obertura de les vuit capelles laterals i la prolongació del santuari. El procés no és altre que el que es produí en tantes i tantes esglésies del país: aprofitament de l’espai exterior entre els contraforts per a ubicar-hi capelles. Tot fa pensar que en el segle XV l’església era d’una sola nau, amb capçalera plana, i coberta amb una armadura de fusta sostinguda per diafragmes. La regularitat de les capelles i els contraforts no convida a pensar que hagués estat coberta amb una volta de canó.
Segons els documents esmentats és previsible que la construcció de la capella originària es dugués a terme no gaire temps després del 1208, l’any que l’Hospital va obtenir l’autorització episcopal per a bastir-la. Una església amb aquestes característiques (arcs diafragma i coberta de fusta) resulta força primerenca per al primer quart del segle XIII, però no és un cas excepcional en l’arquitectura del Principat. Si es pogués demostrar, les construccions hospitaleres —tan desconegudes al nostre país— podrien haver format part, amb les templeres i cistercenques, dels edificis precursors del gòtic català.