Les primeres referències documentals sobre el Palau Comtal Menor són dels anys 1114 i 1116, i fan esment d’un palau situat a prop del torrent del Merdançar, dins el territori anomenat dels Arcs Vells al burg de Barcelona.
Amb tot, els comtes reis gaudiren poc d’aquesta propietat, atès que el 1168 el rei Alfons cedí aquest palau al monestir cistercenc de Santes Creus, el qual hi establí una procuració i erigí la capella dedicada a sant Bernat.
Aquest palau, situat entre els carrers de la Riera de Sant Joan, el de les Magdalenes i el carrer Comtal, no s’escapà de l’especulació del sòl habitable de la Barcelona moderna tancada dins de les muralles medievals, i així el seu terreny fou dividit en petites parcel·les, i a l’inici del segle XX només en restava dempeus, segons F. Carreras i Candi, un portal que donava al carrer de les Magdalenes, mentre que la torre havia estat enderrocada al segle anterior.