Aquesta ermita és documentada per primera vegada el 1496. Probablement fou bastida pels cartoixans d’Escaladei, en el lloc conegut com el “Desert de sant Onofre”. Hom diu que en aquest lloc hi havia hagut una ermita anterior, de la qual, documentalment, no hi ha cap notícia coneguda. Ara bé, tot i la manca de notícies directes, la dedicació a sant Joan, l’esment al “desert” i la situació de l’ermita fan més que probable la presència eremítica en aquest indret des de temps molt anteriors a la primera data coneguda. L’ermita es va refer cap a l’any 1780.