Aquesta església és la parròquia del poble de Torrefarrera, situat al centre del sector del Segrià antic. L’origen de Torrefarrera és força desconegut, malgrat que el seu topònim indiqui clarament que nasqué a partir d’una turris o unitat d’explotació senyorial. Segons J. Lladonosa, aquesta turris podia haver nascut gràcies a una donació comtal feta a Pere Ferrer. Aquest colon surt esmentat l’any 1174 com a possessor de terres al Segrià. El mateix any signà una concòrdia amb el capítol de Lleida i el monestir de Sant Ruf. També en aquest període, la seva germana rebia una turris prop de Lleida, sobre el camí de Tamarit (camí vers Alguaire i Almenar).
Sembla que entorn dels anys vuitanta del segle XII, l’honor de Torrefarrera fou cedida a la milícia del Temple i que a partir de llavors s’inicià la colonització efectiva del terme. El primer esment de l’església de la Santa Creu és precisament d’aquesta època. L’any 1186 consta que els pobladors de Torrefarrera feren donació de diversos béns a l’església de la Santa Creu. Les mencions de l’església continuen posteriorment. Així, per exemple, l’any 1280 s’esmenta el “capellano ecclesie de Torreferrera de Segriano”, que contribuí a la dècima papal. L’església fou objecte de visita l’any 1361. L’edifici actual és un temple neoclàssic que segurament fou edificat sobre el mateix solar de l’església anterior.