Aquesta església és la parròquia del poble de l’Albagés. Són poques les dades que fan referència a l’origen d’aquest lloc. Tot i que el 1155 hi ha notícia d’un Catbert de l’Albagés i el 1192 del que sembla una primera repoblació, aquesta no es devia portar a terme definitivament fins al segle XIII, sota la supervisió del llinatge dels Cervera, senyors del terme de Castelldans i de l’Albagés. Es coneix una carta de franqueses concedida pels Cervera el 1226.
L’església de Sant Joan no apareix fins al final del segle XIII, en la dècima papal del 1280, on s’esmenta el capellà de Dalfages. Actualment no s’ha conservat cap mena de vestigis de l’antic edifici. Al segle XVIII va ser substituït per un nou temple d’estil barroc.