Hi ha escasses referències documentals que confirmen l’existència d’una església dedicada a sant Apolinar en època medieval al terme de Sanaüja. La notícia més antiga data de l’any 1072, en què el bisbe d’Urgell, Guillem de Cerdanya, donà a Santa Maria de Solsona, entre altres béns, un alou que posseïa al terme del castell de Sanaüja i una coromina “qui est prope ipsa ecclesia Sancti Apollinaris”, la qual era situada, segons indica el document, just davant de l’esmentat castell. Poc més d’un segle més tard, l’any 1189, consta que Arnau de Preixens, bisbe d’Urgell, donà als esposos Arnau de Corts i Ermengarda, a Berenguer de Mont-roig i Guillema i als seus descendents, dos alous situats al terme de Sanaüja, anomenats Llac i Corriola, dels quals es descriuen les afrontacions. L’alou de Llac termenejava per una part amb el torrent que descendia vers Sancto Apollinare.
Malauradament, les referències escadusseres a aquesta antiga església, amb un titular tan poc freqüent en terres catalanes, no permeten d’establir amb exactitud l’indret on s’alçava; en tot cas caldria situar-la, segons indiquen els documents, prop del castell i al costat d’un torrent, identificable potser amb la riera de Sanaüja, que passa a frec de la població.