L’actual església del poble de Comabella, al sector meridional del terme, és un edifici modern, amb una llinda que porta la data de 1818. Tanmateix, els orígens d’aquest temple són molt més antics, si tenim en compte que el lloc de Comabella és conegut des de l’any 1064 i que el 1069 ja hi ha documentada una església, dita de Sant Just, potser l’antic titular del temple. L’església de Sant Esteve no és esmentada amb seguretat fins l’any 1162, que apareix en una butlla papal entre les esglésies dependents de la canònica de Sant Pere d’Àger. Aquesta vinculació amb la canònica d’Àger es confirma en la butlla papal de l’any 1179. Això comportà la seva total independència respecte al bisbat d’Urgell.
En llistes posteriors d’esglésies de l’abadiat, del segle XIV, ja no hi consta, perquè en aquest moment ja havia esdevingut una sufragània de la veïna església de Sant Esteve de Vicfred, situació que s’ha mantingut fins a l’actualitat.
Quan la jurisdicció exempta de l’arxiprestat d’Àger fou suprimida el 1874, Sant Esteve de Comabella passà a formar part del bisbat de Lleida. L’any 1957, però, juntament amb Vicfred, la Manresana i Castellnou d’Oluja, fou agregada al bisbat de Solsona.