L’església de Santa Maria de Malacara acompanyà, com a parròquia del bisbat d’Urgell, els primers repobladors del terme del castell de Malacara, ubicat, a la primera meitat del segle XI, en la marca berguedana del comtat de Cerdanya. La proximitat amb Ferran, sota una mateixa identitat jurisdiccional, facilità la vinculació eclesiàstica, amb un mateix rector per ambdues esglésies. Durant els segles baixmedievals, segons consta des del segle XIII, Malacara servà una consideració parroquial si bé afegida a Ferran, de tal manera que el rector ho era de Ferran i de Malacara. Tot i que no es definia com a sufragània, la posició de Malacara era subsidiària respecte de Ferran. Santa Maria de Malacara, però, no deixà de ser afavorida per diferents deixes, de les quals cal destacar les realitzades al segle XIII per Ramon de Montalbà, castlà de Malacara, i per la seva filla Ferrera de Rubinat, que comportaren l’accés de la parròquia a la percepció dels delmes. Els Rubinat, com a successors en la castlania, seguiren afavorint l’església, i alguns dels membres de la família hi foren enterrats, ja al segle XIV. Les donacions permeteren modificar completament el temple, reedificat en estil gòtic, en gran part a la mateixa catorzena centúria.