Aquesta església fou una de les parròquies més importants de l’Urgell durant l’edat mitjana. Formà part en un principi de la diòcesi de Vic. A mitjan segle XII va passar a pertànyer a l’arxidiòcesi de Tarragona. És una de les parròquies que consta en la butlla del 1154 del papa Anastasi IV adreçada a l’arquebisbe de Tarragona. Se’n té notícia per primera vegada gràcies a una relació de parròquies del bisbat de Vic que s’ha datat cap a mitjan segle XI, en la qual apareix la parròquia d ‘Amalla. A l’abril del 1082 el vescomte Ramon Folc I de Cardona i la seva esposa Ermessenda, senyors de Maldà, donaren a Sant Vicenç de Cardona totes les esglésies existents o que es construïssin en el futur al terme del castell de Maldà. D’aquesta manera, la parròquia de Maldà restà subjecta a l’abat i a la comunitat canonical de Sant Vicenç de Cardona. Una interpolació a l’acta de consagració de Sant Vicenç de Cardona del 1040 documenta també aquesta vinculació.
El 1149, l’església de Maldà fou concedida de forma vitalícia al canonge Bernat de Cardona, amb la tercera part de la dominicatura i el delme que la canònica hi rebia. Segons sembla, Sant Vicenç de Cardona optà en un primer moment per encarregar la cura d’ànimes de la parròquia a un canonge de la comunitat, si bé més tard s’hi documenten clergues seculars, nomenats per l’abat de Cardona. N’era rector el 1183 Guerau de Maldà, que també era rector de les esglésies sufragànies de Sant Martí de Maldà, Belianes, Castellsalvà, l’Espluga Calba, Maldanell i Vilamanyanor (el Vilet). À mitjan segle XVIII encara eren sufragànies de Maldà les esglésies de Belianes i el Vilet.
En el seu testament del 1184 el vescomte Ramon Folc I de Cardona concedí el teloni de la sal de Cardona per a pagar les despeses de l’obra del castell i l’església de Maldà, que ell mateix havia ordenat que es reconstruïssin. En el seu testament del 1196, Pere de Maldà féu un llegat de 10 sous a l’església i als clergues de Santa Maria de Maldà.
Prova de la rellevància de la parròquia de Maldà és el fet que el rector d‘Amaldano pagués 120 sous els anys 1279 i 1280 en concepte de dècima papal. L’any 1248 l’arquebisbe Pere d’Albalat intentà obtenir el patronatge de la parròquia de Maldà, però finalment hagué de claudicar davant de l’abat de Cardona, el qual al segle XV seguia tenint la col·lació de l’església.
La primera pedra de l’edifici actual, a la part alta del poble, fou posada el 24 de maig de 1796; el temple fou beneït el 1805. Es tracta d’un edifici neoclàssic de grans dimensions, amb un campanar octagonal.