El primer esment de la parròquia de Sant Pere de Puigverd és dels anys 1080-1100, període dintre del qual féu testament Adelaida, muller de Ponç Dalmau, que llegà als clergues de Puigverd 2 mancusos perquè hi diguessin misses. Segons el seu testament sacramental de l’any 1119, Bernat Pere de Ponts, anomenat Vidià, volia que, de la tercera part dels béns mobles que tenia amb la seva muller, se’n fessin quatre parts, de les quals dues s’havien de repartir entre les esglésies i els clergues de Santa Maria de Gualter, Sant Tirs d’Oliola, Sant Pere de Puigverd i Santa Maria d’Agramunt. A més, volia que es fes donació a Santa Maria de Gualter, on desitjava ser enterrat, entre altres béns, de la meitat d’un alou que tenia conjuntament amb l’església de Sant Pere de Puigverd. També volia que, com a compensació pel calze que havia manllevat d’aquesta església, els seus marmessors lliuressin a Sant Pere de Puigverd les rendes d’un alou seu o d’un molí fins que s’hagués tornat el valor de 30 sous de plata fina. Vers el 1150 Pere de Puigverd —segurament fill de Vidià— establí una convinença feudal amb Pere de Bellvís i la jurà sobre l’altar de Sant Andreu de l’església de Puigverd. En el seu testament del 1164, Pere de Puigverd féu donació a Sant Pere de Puigverd de tot el seu delme del terme de Puigverd amb el qual s’havien de pagar dos preveres perquè cantessin misses a l’església de Puigverd per a la salvació de la seva ànima i la dels seus parents perpètuament. El 1184 era capellà de Puigverd Arnau de Daret.
En la relació de parròquies del bisbat d’Urgell que contribuïren a la dècima del 1391, hi consta el capellà de Puigverd.
L’actual església parroquial que presideix el poble de Puigverd fou construïda al final del segle XVIII, en substitució d’una d’anterior, de la qual resta algun vestigi a la sagristia.