El castell de Perella, al nord-est de la vila de Prats de Molló, posseïa una capella dedicada a sant Joan Baptista. Una primera notícia sembla que es trobaria a l’acta de consagració de l’església parroquial de les Santes Justa i Rufina de Prats de Molló, l’any 1245. Entre els qui la signen figuren el rector de Sant Martí i els clergues de Sant Salvador i de Sant Joan (Raimundus, clerlcus Sancti Ihoannis). Hom ha interpretat que les referències corresponen a esglésies del terme de Prats de Molló. La de Sant Joan correspondria a Sant Joan Baptista del castell de Perella.
En tot cas, no és fins a dates molt tardanes, de l’època de la destrucció del castell després del tractat dels Pirineus i més tard, quan trobem més notícies de la capella. L’any 1684 les rendes del benefici de Sant Joan de Perella, les posseïa Manuel de la Trinxería “subjectes al rei d’Espanya”. Aquesta situació la consentí Jaume Bruguera, doctor en dret i comissari delegat de l’Intendent per a la direcció dels béns confiscats.
Encara l’any 1721 consta que un tal Blai Hortet prengué possessió del benefici de la capella, fundat pels senyors del castell.
Diferents autors, fins a data recent, han afirmat que l’única edificació que encara roman en part dempeus al castell de Perella és l’absis de la seva capella de Sant Joan Baptista. En realitat, però, es tracta d’una torre medieval, sens dubte la torre mestra de la fortalesa. La seva estructura arquitectònica no permet, en absolut, atribuir-la a una església. La persistència de les afirmacions en aquest sentit podria indicar, a tot estirar, que quan el castell ja havia estat destruït—a l’època de les notícies tardanes esmentades— la planta baixa de la torre pogué acollir el culte de la capella primitiva, la situació de la qual ignorem.