Aquesta capella es troba dins del nucli urbà de la vila de Morellàs, en el sector de migdia, al carrer de Santa Magdalena, al qual ha donat nom. Segons A. Cazes, aquesta església és documentada des de l’any 1235, que el clergue d’Elna Ramon de Llauro va fer diversos llegats a les esglésies de Santa Margarida, Sant Corneli, Sant Amanç, Santa Maria de Morellàs i Sant Ferriol. Santa Maria de Morellàs correspondria a Santa Maria [Magdalena] de Morellàs.
L’any 1368 hi ha notícia del benefici instituït a la capella de Santa Magdalena per la universitat de Morellàs, del qual gaudia aleshores el clergue Bernat Despuig. L’any 1533 hom denuncià el beneficiat Jaume Gelada per haver administrat comunions i confessions sense permís, ja que aquesta capella de Santa Magdalena no tenia caràcter parroquial.
L’església és d’una sola nau, que ha estat força alterada modernament. La façana de ponent ha estat repicada. Hi ha la porta d’entrada, que és d’un sol arc de mig punt, de força llum, fet amb dovelles curtes i amples, ben tallades i polides, i un finestral d’època recent. El mur és coronat per una espadanya de tres pilars d’obra i dos arcs fets amb rajols. L’aparell és de pedruscall, irregular i rústec. L’aspecte de la construcció és el d’una obra popular i tardana, potser dels segles XVI o XVII. No és impossible, tanmateix, que hi resti algun element—com, potser, la dita portada—i algun fragment dels murs de l’església que existissin a l’època medieval.