D’aquesta església, actual parròquia de Puigbalador, no se’n té cap referència fins al segle XIV, si bé és molt possible que ja existís amb anterioritat, arran de la construcció del castell de Puigbalador pel rei Alfons I de Catalunya-Aragó poc abans del 1192. El 1353 es documenta per primer cop, quan s’hi reuní el consell general del terme del castell de Puigbalador. En aquest moment no passava d’ésser, sembla, una capella de la parròquia de Sant Martí de Riutort. L’any 1357, però, un altre document parla del límit o terme de Sant Salvador de Puigbalador, la qual cosa fa pensar que l’església tenia ja caràcter parroquial. La parròquia de Puigbalador acabà absorbint la de Sant Martí de Riutort.
L’actual edifici, al poble, és del 1826, que és l’any que figura gravat a la llinda de la porta d’entrada. En aquesta data l’església ja havia adquirit l’advocació actual. Es creu que la primitiva església de Puigbalador era situada al cim del turó del castell.