L’actual parròquia del poble de Pesilhan, dedicada a sant Esteve, tal vegada, encara que no és del tot segur, es correspon a l’església de Sant Andriu de la vall de Pesilhan que pertanyia al monestir de Sant Pere de Rodes segons recull una butlla de l’any 974. Aquesta propietat és confirmada a l’esmentat cenobi posteriorment, en un precepte del rei Lotari de l’any 982 i en una butlla del papa Joan XV de l’any 990.
La parròquia de Pesilhan amb l’actual titular apareix documentada l’any 1395. Segons es comprova en el cadastre antic, al seu redós es formà el primitiu nucli de població, amb el cementiri al SE de l’església. Al llarg de l’edat mitjana una part de l’hàbitat potser abandonà el sector de l’església i s’instal·là més avall, prop de l’Adasig. L’actual església fou profundament remodelada al segle XVII i no presenta traces de l’edifici medieval.