L’església I les restes de l’antic monestir de Sant Pau de Fenolhet són situades al N del nucli antic de la vila del mateix nom, capital de la comarca de la Fenolleda, que té el seu origen en aquest antic monestir benedictí, conegut primitivament amb el nom de Sant Pau de Monisat o de Valhòlas. Aquesta abadia és esmentada en la documentació per primera vegada l’any 965, en el testament del comte Sunifred II de Cerdanya-Besalú, atorgat amb data d’1 d’octubre; segons l’acta testamentària, entre les deixes fetes a molts altres monestirs, llegà “ad Sanctum Paulum apostolum cuius cenobium fundatum est in comitatu Fenolietense”, els alous que posseïa a Camporsin i a Palmas.
Poc temps després, amb data de 23 de febrer de l’any 1000, el comte de Besalú Bernat I Tallaferro, nebot del difunt Sunifred II, feu donació a l’abadia de Sant Miquel de Cuixà i al seu abat Guifré, del monestir de Sant Pau, dit de Monisaten. La donació fou feta en presència i amb l’acord dels seus germans, Berenguer, bisbe d’Elna, Guifré II, comte de Cerdanya, i Oliba, aleshores comte de Berga i posteriorment abat de Cuixà i bisbe de Vic; el comte Bernat especificava en l’escriptura que donava el seu monestir a l’abat Guifré a fi que aquest introduís els costums monàstics propis de la regla benedictina.
Sant Pau de Monisat restà així unit a Sant Miquel de Cuixà; malgrat tot, el comte Bernat I designà Sant Pau com una de les esglésies del seu comtat on hom hi hauria pogut erigir la seu del bisbat que intentà crear en els seus dominis l’any 1017, i que finalment s’establí a Sant Salvador de Besalú, bé que fou un bisbat efímer. En el testament sacramental d’aquest comte, datat l’any 1020, deixava “la seva filla Adelaida juntament amb l’alou de Lançac”, situat al comtat de Fenollet, al “cenobium Sancti Pauli qui est situs in valle Ausoli”; cal interpretar aquesta deixa de manera que el comte “donava” la seva filla i l’alou de Lançac al monestir de Sant Pau de Valhòlas (o de Monisat) a fi que hi servís com a religiosa.
L’any 1078 Bernat II, comte de Besalú, subjectà el monestir de Sant Pau de Valhòlas (vall Osol) a l’abadia cluniacenca de Sant Pèire de Moissac; anteriorment, l’esmentat comte havia adquirit el monestir de Pere II, vescomte de Fenollet, el qual, malgrat tot, en el seu testament (1073) llegà al cenobi de Sant Pau una part dels seus béns.
L’any 1119 el monestir de Sant Pau de Fenolhet fou sotmès a l’abadia de Santa Maria d’Alet, al Rasès. Aquesta dependència féu que en esdevenir aquesta abadia seu d’un bisbat l’any 1318, el monestir benedictí de Sant Pau es convertís en una comunitat canonical. El seu capítol, dirigit per un degà, comprenia dos dignataris més, el sagristà i el xantre; així mateix tenia 12 canonges i 30 semiprebendats. Arnau de Verdale fou un dels degans més il·lustres de Sant Pau de Fenolhet; governava l’any 1334, i pocs anys més tard fou també nomenat bisbe de Magalona.
Al segle XV l’abadia de Sant Jacme de Jocó fou unida a Sant Pau de Fenolhet. Durant el segle XVII el capítol de Sant Pau tenia la senyoria sobre els llocs d’Aunat, Jocó, Besseda, Muirés i Calldans, al País de Salt, i molts llocs i masos a la Fenolleda, d’on percebia rendes. Hom sap que al segle XVIII el capítol de Sant Pau disposava de 12 canonges i 37 prebendats; després de la Revolució Francesa l’antiga església abacial passà a mans privades i restà sense culte, tot i que en el present segle fou adquirida pel municipi.
L’església abacial, coneguda com “lo Capítol”, no conserva cap element arquitectònic del que fou la primitiva església romànica. Correspon a un edifici construït probablement a partir del 1318, en temps d’Arnau de Verdale, que fou en gran part modificat durant el segle XVII. Es tracta d’una església de nau única, amb capelles laterals essencialment gòtiques, amb cor recte i absis pentagonal cobert amb volta nervada ogival. Sobre el cor s’alça un cimbori poligonal —coronat per un campanar-, a la base del qual s’obren uns finestrals gòtics. Les reformes i modificacions del segle XVII consistiren en uns afegits constructius i ornamentals classicitzants I barrocs. A l’interior, l’església és decorada amb unes motllures de guix força remarcables. Des del cimbori, hom domina les cases properes, que foren bastides a l’Indret que ocupaven les antigues dependències monàstiques, entorn d’un gran pati, que correspon a l’antic claustre.