Fill de Joan Pere Fontanella i germà de Francesc. Fou professor de dret canònici civil a la Universitat de Barcelona. A partir del 1640 (era aleshores membre del Consell de Cent) col·laborà estretament, dins la línia iniciada pel seu pare, en els fets que portaren a la separació de Catalunya de la monarquia hispànica, sempre a favor de la unió a la corona francesa. Participà en el consell secret reunit després del Corpus de Sang i com a assessor de la generalitat en les converses amb el govern francès. Controlà el consell de guerra els primers mesos del 1641. Esdevingué l’home de confiança de D. Argenson, i el lloctinent del Principat, mariscal De Brezé, el nomenà (1641) regent de la cancelleria, càrrec que detingué fins el 1659. El 1643 fou elegit pels consistoris com a diputat de Catalunya a la conferència de pau de Münster. Residí tres mesos a la Haia, on estudià el comerç holandès com a possible model per a Catalunya, i arribà a Münster a la darreria d’any. Al final del 1644, després de mesos de converses infructuoses i a causa del recel dels francesos, que temien que negociés pel seu compte la pau amb Castella, Lluís XIV li ordenà de tornar a Catalunya —cosa que disgustà granment el Consell i la generalitat—, i fou substituït per Martí Viladamor. Des del 1648, ja creat vescomte, s’enfrontà obertament amb Pèire de Marca i s’oposà a la seva actitud repressiva; també s’enfrontà amb el governador Margarit. Fou cridat diverses vegades a París (1650 i 1651), on demanà, inútilment, auxili davant la imminència de l’ofensiva castellana. Abandonà Barcelona el novembre del 1652 i s’instal·là al Rosselló, on fou afavorit amb quantiosos béns confiscats als desafectes locals a França; el 1653 li foren atribuïts els títols de comte de Peralada i vescomte de Canet confiscats als posseïdors legítims. Després del tractat dels Pirineus (1659), fou president del Consell Sobirà del Rosselló.
És autor d’alguns poemes d’elogi en els preliminars d’obres impreses del seu pare i d’altri, en llatí i català. Li ha estat atribuïda, sembla que abusivament, una Conjunción magna de pronósticos (Barcelona 1641 i traducció francesa del 1642).