Fou fundat l’any 1947, i jugà majoritàriament a primera i a segona territorials fins la temporada 2005-06, en què ascendí a preferent després de quedar campió de grup de primera territorial. Es mantingué dues temporades a preferent (2006-08) i en la darrera pujà a primera catalana, on jugà només una temporada (2008-09), ja que es classificà en tercer lloc i assolí la tercera divisió. En la seva segona temporada en aquesta categoria (2010-11), es proclamà campió de grup i ascendí a segona B després de superar el play-off. La temporada 2011-12 participà per primera vegada en la Copa del Rei i la de 2013-14 aconseguí l’ascens a segona A, i en la Copa del Rei superà les tres primeres eliminatòries i es classificà per a setzens de final. Jugà a segona A les temporades 2014-15 i 2015-16, i la temporada 2016-17, de nou a segona B. L’entrenador d’aquests anys d’ascensos fou Oriol Alsina (2004- juny 2014 i octubre 2014-17), que deixà la banqueta per passar a formar part de la direcció esportiva del club. La Unió Esportiva té diversos equips de futbol de base, i disputa els partits dels filials al camp municipal d’esports de Llagostera, camp on jugà el primer equip fins el 2014, quan per complir amb la normativa de l’LFP, la UE juga els seus partits com a local al Nou Estadi Municipal de Palamós.
Partit de la Unió Esportiva Llagostera contra el València FC, corresponent a la Copa del Rei 2012-13
UE LLAGOSTERA