Durant la primera ocupació d’Àger, vers el 1036-37, hi hagué un monestir benedictí. En ésser reconquerida definitivament el 1047, Arnau de Tost hi instal·là clergues osonencs. Arnau dotà àmpliament la canonja, la sotmeté a la Seu Apostòlica i li obtingué l’exempció de la mitra d’Urgell (1060). Potser per indicació del papa, Arnau oferí a Cluny la comunitat com a priorat, però hom no féu efectiva la donació. Sant Pere quedà com a canonja aquisgranesa, i, més tard, com a augustiniana. L’exempció episcopal li valgué lluites amb els bisbes d’Urgell i, després, amb els de Lleida, al s XII, que provocaren una davallada material i d’observança, fins que hi intervingué Bernat Calbó (1232) per remeiar-ho. L’abadia esdevingué pràcticament nullius amb jurisdicció sobre 38 parròquies i 16 annexos, dividides en 4 oficialats: Àger, Castelló de Farfanya, Montclar i Valldellou. La canonja fou secularitzada per Climent VIII el 1592 i esdevingué col·legiata i arxiprestat, que conservà la jurisdicció exempta fins al 1874 ( arxiprestat d’Àger ), que fou incorporat al bisbat de Lleida. De l’antiga basílica (s XII), només en queden els tres absis, amb capitells esculpits, part de les criptes (s XI) i un tros de la nau al costat del campanar inacabat. També hi ha restes de pintures murals i una part del claustre gòtic i dependències malmeses.