Cobejat per Sanç VI de Navarra, que s’havia aliat als almoràvits valencians contra els almohades, fou cedit (~1167) pel rei Llop a Pedro Ruiz de Azagra, senyor d’Estella, a causa de serveis rebuts d’aquest contra els reis Alfons VIII de Castella i Alfons I de Catalunya-Aragó. La senyoria fou posada sota l’advocació de Santa Maria. Pedro Ruiz de Azagra aconseguí que Albarrasí esdevingués seu episcopal el 1172 bisbat d'Albarrasí). Els més interessats a annexionar-se Albarrasí foren els reis catalans. Jaume I, inexpert encara, fracassà enfront de Pedro Fernández de Azagra en assetjar-lo el 1220. L’ajuda dels Azagra en la conquesta de València, però, els congracià novament l’amistat reial. Amb tot, continuava essent un enclavament molest. La dinastia d’Azagra, amb habilitat política, amb èxits i amb fracassos militars entre els regnes veïns poderosos d’Aragó i de Castella, es mantingué durant sis generacions, gràcies en bona part a l’ajuda navarresa. El darrer senyor independent, Juan Núñez de Lara, s’havia aliat amb tropes franceses. Pere II de Catalunya-Aragó aconseguí, finalment, de sotmetre la senyoria el 1284. Jaume II, el 1300, l’annexionà a la corona i concedí a Albarrasí el títol de ciutat.