A la caiguda del seu pare (1195), fou empresonat pel seu oncle, Aleix III. El 1202 s’escapà a Occident i s’entrevistà amb Innocenci III i el seu cunyat Felip de Suàbia. Més tard s’alià (tractat de Corfú, 1203) amb els caps de la quarta croada per tal que l’ajudessin a restablir el seu pare al tron en canvi d’incorporar-se ell mateix a la croada i de pagar una suma important. Els croats, després de prendre per primera vegada Constantinoble (1203), reposaren Isaac II, nomenaren coemperador Aleix i exigiren el compliment de la prometença. Aquest fet provocà una gran tensió entre llatins i bizantins i conduí a la revolta del 1204, en la qual fou proclamat monarca Aleix V Ducas. Aleix IV fou escanyat i Isaac II morí poc temps després.