L’origen del cristianisme a Alexandria és atribuït a sant Marc segons una tradició molt antiga; la relació d’aquest amb sant Pere i la importància civil i cultural de la ciutat donaren al bisbe d’Alexandria un lloc preeminent en l’estructuració eclesiàstica d’Orient, reconegut pel concili I de Nicea (325), que acceptà la seva autoritat sobre Egipte, Líbia i la Pentàpolis. Per aquests motius i d’altres d’estrictament religiosos fou constant l’oposició al naixent patriarcat de Constantinoble, però durant la controvèrsia monofisita (monofisisme) i sobretot després del concili de Calcedònia (451) el patriarcat fou dividit entre monofisites i ortodoxos, que reberen el nom de melquites; aquesta divisió i l’ocupació de la ciutat pels àrabs (642) contribuïren a fer minvar el prestigi i l’autoritat de la seu alexandrina. Al s IV fou evangelitzada Abissínia des d’Alexandria, que encara actualment té el mateix ritu copte. Durant el domini àrab la situació dels cristians a Alexandria, tant ortodoxos com catòlics, oscil·là entre la persecució i la tolerància.