Situada a la confluència dels rius Ador i Niva, la ciutat és formada per tres nuclis enllaçats per ponts: un que travessa el Niva i separa la gran Baiona, i un altre damunt l’Ador, entre la petita Baiona i el raval del Sant Esperit, suburbi industrial. Conserva en gran part el recinte romà i el medieval, així com dues fortaleses, el Castell Vell i el Castell Nou. També es conserva la ciutadella de Sant Esperit, obra de Vauban. Aigua avall de l’Ador fins a la desembocadura, que és a 6 km, s’estenen els nuclis industrials (metal·lúrgia, indústria química, aeronàutica, cuir i fusteria). L’estuari és poc accessible, a causa dels materials aportats per les aigües del riu. Tot i així, hi ha un port, pel qual hom importa carbó i mineral de ferro i exporta sofre, provinent de la refineria de gas de Lacq. La manufactura d’armes de Baiona és coneguda de fa segles, i destaca també la indústria mecànica, instal·lada sobretot al suburbi de Lo Bocal.
Antiga fortalesa romana anomenada Lapurdum, durant l’edat mitjana pertangué al ducat d’Aquitània i, juntament amb aquest, passà cap al 1154 a poder d’Anglaterra, que la posseí fins a l’ocupació francesa (1451). La ciutat fou seu de diversos tractats i diverses entrevistes, d’entre els quals sobresurt el tractat de pau de 1290 entre Sanç IV de Castella i Felip IV de França que ratificava els anteriors acords de Lió. El tractat de 1388 entre Joan de Gant, duc de Lancaster, i Joan I de Castella posà fi a les pretensions del primer al tron castellà. Posteriorment, el 1462, tingué lloc el tractat de Baiona entre Lluís XI de França i Joan II de Catalunya-Aragó, i l’any següent, l’entrevista entre Enric IV de Castella i Lluís XI de França, coneguda com a sentència arbitral de Baiona. El 1565 Caterina de Mèdici i Carles IX de França, d’una banda, i el duc d’Alba (representant de Felip II de Castella), de l’altra, es reuniren a Baiona per tractar principalment del problema religiós francès i preparar un atac conjunt al protestantisme, del qual derivà, sembla, la matança de la nit de Sant Bartomeu (1572). L’any 1808 Napoleó convocà a Baiona la família reial espanyola i arrencà les successives abdicacions de Ferran VII a favor del seu pare Carles IV i la d’aquest a favor seu. El 1808 s’hi reuní l’assemblea de notables qualificada de “corts”, que aprovà la constitució de Baiona.
Entre els seus monuments sobresurten la catedral (segles XIII-XIV), d’un claustre remarcable (segle XIII) i amb un interessant portal de dos timpans (segle XIV) i les restes de les muralles romanes. El Museu Bonat, a més de nombroses obres d’aquest pintor, conté escultures gregues, medievals i renaixentistes, pintures de Rembrandt, Rubens, Botticelli, Ribera, Goya, etc., i una important col·lecció de dibuixos. És remarcable també el Museu Basc.