Els seus avis eren originaris de Sitges; el seu pare, el general Lorenzo Batlle, fou president de l’Uruguai (1868-72). Viatjà per Europa (1880-81), i a la Sorbona seguí un curs de dret natural d’Ahrens, el qual, juntament amb Comte i amb Renan, fou el pensador que més l’influí. En tornar a l’Uruguai menà, des de La Razón, una campanya contra la tirania militar de Máximo Santos. S'hagué d’exiliar (a Buenos Aires, el 1855) i participà en la revolució d’El Quebracho (1886). Aquest mateix any fundà el diari El Día. S'inicià en la vida política al si del Partido Colorado. En tornar d’un nou exili reprengué la publicació d'El Día (1889). Diputat i senador (1891 i 1898), i president de la República (1903-07), li tocà de liquidar el llarg període de les guerres civils amb la derrota i mort d’Aparicio Saravia (1904), líder del Partido Nacional (Blanco). En aquesta primera presidència abolí la pena de mort, disposà l’ensenyament primari a les casernes i a les presons, inaugurà importants obres públiques, estengué la xarxa ferroviària, promulgà la llei del divorci i proposà un projecte de llei establint la jornada de treball de vuit hores (1906). Visità Suïssa, on se sentí molt impressionat pel sistema de poder executiu col·legiat. Aprofità el viatge per a conèixer Catalunya. Els anys 1911-15 fou per segona vegada president de la República. Practicà una àmplia política de nacionalitzacions que afavoriren el desenvolupament econòmic; propugnà l’ensenyament laic, gratuït i obligatori. Per llei de 1912 suprimí les corridas de toros i les baralles de galls. En una sèrie d’articles, Apuntes de reforma de la Constitución (1913), propugnà la substitució del poder executiu per una junta de govern de nou membres, amb presència de la minoria, i la separació de l’Església i l’estat; la proposta fou duta a la pràctica en la constitució del 1917. Se sostingué en les masses populars de Montevideo, malgrat les polèmiques constants al si del seu partit, la majoria del qual el seguí amb decisió formant la fracció que féu oficial el nom de Partido Colorado Batllista.