Professor de matemàtiques, milità primerament dins el moviment nacionalista Istiqlal, i els primers temps de la independència presidí l’assemblea consultiva. El 1959 dirigí una escissió, organitzada amb el nom d’Union National des Forces Populaires (UNFP), que ràpidament polaritzà tota l’oposició esquerrana al règim. El 1963 el govern de Rabat llançà una vasta operació repressiva contra la UNFP: els dirigents foren acusats d’una conspiració per assassinar el monarca i de connivència amb Algèria. Ben Barka, que era a l’estranger, fou condemnat a mort in absentia i hagué de romandre exiliat. Es destacà aleshores en l’organització i la coordinació d’activitats revolucionàries a escala internacional. Intervingué en la preparació de la conferència tricontinental de l’Havana del 1966. El 29 d’octubre de 1965 fou segrestat a París i assassinat per membres de la policia francesa i per professionals dels baixos fons a sou d’una autoritat marroquina. Al final d’un procés, la justícia francesa condemnà in absentia el general Oufkir, ministre de l’interior del Marroc, a la pena de cadena perpètua, i els seus col·laboradors francesos, a penes inferiors. El cas Ben Barka fou un motiu de gran tensió entre els governs de França i del Marroc.