Fill de Jofré de Borja-Llançol de Romaní i germà del cardenal Pere Lluís. És considerat el Borja de la cort d’Alexandre VI amb més qualitats polítiques. Protonotari apostòlic, fou bisbe electe de Melfi (1494-98) i arquebisbe de Càpua (1496-98) i de València (1498-1500). A Perusa, de primer com a governador i després com a legat pontifici, donà proves de les seves altes condicions de governant. El 1497 acompanyà el papa a Òstia per tractar amb el futur Juli II, addicte a Carles VIII de França. Nomenat legat de Bolonya el 1499, morí quan es dirigia a Forlì a felicitar Cèsar Borja per la conquesta d’aquella ciutat.