El 1486 ingressà a la confraria de la Mare de Déu, per a la qual, a més de pintar, s’ocupava de la representació de misteris, activitat que es veu reflectida en la seva pintura. El 1493 dibuixà vitralls per a la catedral de Sant Joan de ‘s-Hertogenbosch. El 1504 l’arxiduc Felip el Bell li encarregà un quadre sobre el judici final. Una bona part de la producció del Bosch ha desaparegut, víctima de successives còleres iconoclastes. Únicament li són atribuïdes amb certesa una trentena de pintures. Com a datables entorn del 1480 figuren Els pecats capitals i L’escamotejador. Amb molta probabilitat foren pintades entre el 1485 i el 1505 La nau dels boigs i els tríptics de l'Al·legoria del carro de fenc, del Jardí de les delícies i de La temptació de sant Antoni. De després del 1505, que l’obra del Bosch esdevé més sòbria, són el tríptic de l'Epifania, El fill pròdig i les pintures sobre el tema dels ultratges a Crist.
La seva obra és un bon testimoniatge del temps que fou concebuda, època de guerres, de plagues, de descobriments i de ferment religiós i espiritual. Situada a la cruïlla de dues edats, n'expressa el conflicte d’idees, de sentiments i de gusts, i resulta enigmàtica i susceptible d’interpretacions contradictòries: hi ha qui hi veu una claríssima intenció ètica; hom l’ha jutjada a voltes com a atacant d’heretgies, a voltes com a heretge. Per tal d’explicar el món visionari que caracteritza la seva pintura com a precursora del surrealisme, hom l’ha considerada fruit d’una experiència onírica. Bona part dels elements de la seva obra, de clara expressió simbòlica, són representacions pictòriques de velles dites populars neerlandeses o de llegendes vives al seu temps i al seu país. Fou l’iniciador del moviment que portà la pintura flamenca del misticisme al realisme d’inspiració popular.