Recorregué una gran part de Colòmbia i l’Equador, estudiant-ne la vegetació, i participà en l’expedició de Humboldt i Bonpland. A causa del seu lògic aïllament científic hagué de fer-se ell mateix els instruments d’observació, i inventà l’hipsòmetre. Col·laborà en l’expedició de José Celestino Mutis, i s’encarregà de la direcció de l’observatori astronòmic de Santa Fe. Participà com a coronel en la guerra d’independència, i fou empresonat i afusellat per les tropes reialistes. Les seves obres més importants són Memoria sobre la nivelación de las plantas que se cultivan en la vecindad del Ecuador (1801) i Estado de la geografía del virreinato de Santa Fe de Bogotá.